آفات و بیماری‌های گیاهی

شناسایی مولکولی ویروس پیسک توت‌فرنگی (Strawberry mottle virus) از مزارع توت‌فرنگی استان کردستان بر اساس منطقه 3΄NCR

نسرین قادری زندان؛ محمد حاجی زاده

دوره 87، شماره 1 ، شهریور 1398، ، صفحه 107-116

https://doi.org/10.22092/jaep.2019.125077.1266

چکیده

در تابستان 1397، علائم ویروسی شامل پیسک، بدشکلی و سوختگی حاشیه برگها از مزارع توتفرنگی استان کردستان مشاهده و تعداد 48 نمونه برگی جمعآوری شد. ابتدا برخی نمونهها به گیاه محک Fragaria vesca با استفاده ... بیشتر در تابستان 1397، علائم ویروسی شامل پیسک، بدشکلی و سوختگی حاشیه برگها از مزارع توتفرنگی استان کردستان مشاهده و تعداد 48 نمونه برگی جمعآوری شد. ابتدا برخی نمونهها به گیاه محک Fragaria vesca با استفاده از شته توتفرنگی (Chaetosiphon fragaefolii) تلقیح و علایم مطابق با Strawberry mottle virus (SMoV) ظاهر شد. سپس، آر ان ا کل از نمونهها با روش سیلیکا استخراج و دی ان ا مکمل آن‌ها با آغازگرهای تصادفی ششتایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SMoV- Sm2ncr1a و SMoV-Smdetncr4a انجام و قطعهای به طول 461 جفت باز در 28 نمونه از 48 نمونه فوق تکثیر گردید. به‌منظور اطمینان از نتیجه RT-PCR و بررسی مشخصات مولکولی، پنج جدایه براساس منطقه جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب و پس از الحاق به پلاسمید pTG-19 در باکتری Escherichia coliانتقال و پلاسمیدهای نوترکیب همسانه شده تعیین توالی شدند. میانگین فاصله ژنتیکی در بین جدایههای در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 002/0 ± 005/0 و با سایر جدایههای موجود در بانک ژن 008/0 ± 084/0 بود. مقایسه دوبه دوی توالیهای نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین فاصله ژنتیکی به‌ترتیب میان جدایه K3 با جدایه NSper51 از کانادا (015/0 ± 093/0) و جدایه SQA یا AG با جدایه NB926 از کانادا (007/0 ± 019/0) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توتفرنگی استان کردستان میباشد.

ردیابی و بررسی روابط تبارزایی جدایه‌های ایرانی ویروس موزائیک انجیر بر اساس ژن کد کننده نوکلئوکپسید پروتئین

مرتضی شاه میرزایی؛ فرشاد رخشنده رو؛ محمد رضا صفرنژاد؛ حمیدرضا زمانی زاده؛ توفیک البیانو

دوره 86، شماره 1 ، شهریور 1397، ، صفحه 61-74

https://doi.org/10.22092/jaep.2018.116606.1199

چکیده

ویروس موزائیک انجیر Fig mosaic emaravirus (FMV)یکی از مهم‌ترین عوامل ایجاد کننده بیماری موزائیک انجیر می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی و ردیابی FMV در مناطق مختلف کشور و همچنین مطالعه روابط تبارزایی بر مبنای ... بیشتر ویروس موزائیک انجیر Fig mosaic emaravirus (FMV)یکی از مهم‌ترین عوامل ایجاد کننده بیماری موزائیک انجیر می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی و ردیابی FMV در مناطق مختلف کشور و همچنین مطالعه روابط تبارزایی بر مبنای ژن کد کننده پروتئین نوکلئوکپسید (NP) صورت پذیرفت. برای این منظور تعداد 54 نمونه برگ انجیر دارای علایم موزائیکی و کلروز از مناطق مختلف کشت انجیر در شمال، مرکز و جنوب ایران جمع آوری گردید. ردیابی اولیه از طریق آزمون الیزا با استفاده از آنتی بادی اختصاصی ویروس FMV انجام گرفت. آزمون RT-PCR به منظور تائید نتایج ردیابی اولیه با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن (NP) صورت پذیرفت. همسانه سازی، تعیین توالی نوکلئوتیدی و رسم درخت تبارزایی 14 جدایه منتخب از مناطق جغرافیایی مختلف انجام گرفت. نتایج ردیابی سرولوژیکی و آزمون مولکولی حاکی از میزان 5/55٪ آلودگی در نمونه های مورد بررسی بود. نتایج مطالعات تبار زایی نشان داد که تمامی جدایه های مربوط به مناطق شمال و مرکز کشور به همراه جدایه های گزارش شده از سایر کشورها در گروه I قرار می گیرند در حالی که جدایه های استان فارس (استهبان و جهرم) در یک گروه تبارزایی جدا، گروه II، دسته بندی شدند. نتایج حاصله حاکی از وجود ارتباط معنی داری بین شدت علایم و گروه بندی تبارزایی می باشد. جدایه جهرم، JA2، از گروه II با داشتن بیشترین میزان تفاوت با سایر جدایه های کشور و دنیا، بنظر می رسد که دارای خصوصیات بیماری زایی و بیولوژیکی منحصر بفردی باشد که تعیین این خصوصیات در مطالعات تکمیلی ضروری می باشد.

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

حمیدرضا مقام نیا؛ محمد حاجی زاده؛ عبدالباسط عزیزی

دوره 84، شماره 2 ، اسفند 1395، ، صفحه 301-312

https://doi.org/10.22092/jaep.2017.107592

چکیده

پروتئین پوششی نقش‌های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می‌آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین ... بیشتر پروتئین پوششی نقش‌های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می‌آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزاییک زرد کدو (ZYMV)، هفت جدایه B10، B21، B22، H7، W5، Z3 و Z14 از غرب کشور و از میزبان‌های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. درخت تبارزایی جدایه‌های این ویروس بر اساس 432 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم‌افزار MEGA6 ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم‌افزار DnaSP انجام شد. در آنالیز تبارزایی، جدایه‌ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه‌های B10، B21، B22، H7 و Z3 در گروه جدایه‌های ایرانی و اروپایی و دو جدایه Z14 و W5 در گروهی مجزا همراه با جدایه‌های شرقی قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی (π) بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی(CP) نشان داد که جدایه‌های شرق نسبت به جدایه‌های ایران، اروپا و آمریکا بیشترین تنوع (π=0.104) را دارند. همچنین، این قسمت از ژنCP در جدایه‌های آمریکا از کمترین تنوع (π=0.0211) برخوردار بود. کمتر از یک شدن نسبت جانشینی مترادف (dS)به غیر مترادف (dN) بیانگر نقش مؤثر انتخاب منفی در تکامل این ژن بوده است. بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار version 4.63 RDP4 حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود و به نظر می‌رسد که تغییرات آن در اثر جهش حاصل شده باشد.

ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی Fig badnavirus-1 بر اساس ژن تولید کننده آنزیم پروتئاز

اطهر علیشیری؛ فرشاد رخشنده رو؛ غلامرضا صالحی جوزانی؛ مسعود شمس بخش

دوره 84، شماره 1 ، شهریور 1395، ، صفحه 119-130

https://doi.org/10.22092/jaep.2016.106791

چکیده

بادنا ویروس یک انجیر (Fig badnavirus -1) متعلق به خانواده Caulimoviridae و جنس Badnavirus و یکی از شایع ترین عوامل ویروسی همراه با بیماری موزائیک انجیر در انجیرکاری های جهان می باشد. طی فصول زراعی سال های 1391 تا 1393، در مجموع ... بیشتر بادنا ویروس یک انجیر (Fig badnavirus -1) متعلق به خانواده Caulimoviridae و جنس Badnavirus و یکی از شایع ترین عوامل ویروسی همراه با بیماری موزائیک انجیر در انجیرکاری های جهان می باشد. طی فصول زراعی سال های 1391 تا 1393، در مجموع تعداد 392 نمونه برگی علائم دار و بدون علائم ویروسی از انجیر کار های مختلف موجود در 9 استان کشور جمع آوری شد. نمونه ها توسط آزمون سرولوژیکی Dot Immunobinding Assay (DIBA) و با استفاده از آنتی سرم اختصاصی ویروس موزائیک انجیر مورد بررسی قرار گرفتند. وجود ویروس در نمونه های آلوده توسط آزمون های مولکولی مورد تایید قرار گرفت. برای این منظور، DNA کل از نمونه های آلوده استخراج و با استفاده از آغازگر اختصاصی برای ژن پروتئاز، قطعه ای به طول تقریبی 1055 جفت باز تکثیر شد. بمنظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها، محصول پی سی آر نمونه های آلوده به FBV-1 توسط آنزیم EcoRI در آزمون RFLP مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند. پس از مشخص شدن توالی نوکلئوتیدی منطقه تکثیر شده 9 جدایه FBV-1 مربوط استان های مختلف، توالی های با رس شمارهای KU314932-40 در بانک ژن ثبت شدند. نتایج همردیف سازی توالی ها نشان داد جدایه های ایرانی در هر یک از سطوح نوکلئوتیدی یا اسید آمینه ای به میزان 99-98% مشابه بودند. در بررسی تبارزایی بر مبنای توالی نوکلئوتیدی جدایه های مورد بررسی در دو گروه قرار گرفتند و جدایه های ایرانی مستقل از جدایه آمریکا در گروه مجزا قرار گرفتند. فیلوژنی بر مبنای توالی اسید آمینه درخت فیلوژنتیکی متفاوتی را نشان داد

بررسی توالی ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ایرانی ویروس ایکس هوستا

رضا پوررحیم؛ شیرین فرزادفر

دوره 81، شماره 2 ، اسفند 1392، ، صفحه 123-134

https://doi.org/10.22092/jaep.2014.100370

چکیده

در بهار سال 1390 طی بازدیدی از مراکز تولید گیاهان زینتی در شهرستان‌های کرج و تنکابن، تعدادی بوته هوستا (Hosta sieboldiana.) با علائم موزائیک، پیسک و بدشکلی برگ‌ها مشاهده شد. تعداد 17 بوته علائم‌دار انتخاب شد و احتمال ... بیشتر در بهار سال 1390 طی بازدیدی از مراکز تولید گیاهان زینتی در شهرستان‌های کرج و تنکابن، تعدادی بوته هوستا (Hosta sieboldiana.) با علائم موزائیک، پیسک و بدشکلی برگ‌ها مشاهده شد. تعداد 17 بوته علائم‌دار انتخاب شد و احتمال آلودگی آنها به ویروس‌های موزائیک آرابیس (Arabis mosaic virus-ArMV)، موزائیک خیار (Cucumber mosaic virus-CMV)، پژمردگی لکه‌ای گوجه‌فرنگی (Tomato spotted wilt virus-TSWV)، لکه نکروز گل حنا (Impatiens necrotic spot virus-INSV) و لکه حلقوی گوجه فرنگی (Tomato ring spot virus-ToRSV) در آزمون سرولوژیک داس الایزا (DAS-ELISA) بررسی شد. نمونه‌های مورد بررسی با هیچ یک از آنتی‌بادی‌های اختصاصی ویروس‌های فوق‌الذکر واکنش نشان ندادند. مایه‌زنی مکانیکی برخی از نمونه‌های علائم‌دار منجر به تولید لکه‌های نکروزه روی گل دکمه‌ای (Gomphrena globosa) و علائم سیستمیک پیسک در Nicotiana bentamian گردید. بررسی نمونه‌های هوستا با استفاده از روش مولکولی (RT-PCR) و آغازگرهای اختصاصی طراحی شده در این تحقیق برای تکثیر ناحیه ژن پروتئین پوششی ویروس ایکس هوستا (Hosta virus X-HVX)، منجر به تولید قطعه دی.ان.ای به طول تقریبی 700 جفت باز گردید. مقایسه توالی ژن پروتئین پوششی پنج جدایه ایرانی HVX با 55 توالی موجود در بانک ژن حاکی از وجود درصد بالای یکنواختی (5/98 تا 5/99%) در سطح توالی نوکلئوتیدی بین آن‌ها بود. کمترین یکنواختی توالی (5/98 درصد) بین جدایه ایرانی HVX.Ir.TnK2 با جدایه AJ620114 از کره جنوبی تعیین گردید. این اولین گزارش از وقوع ویروس ایکس هوستا در ایران است و توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ایرانی HVX برای اولین بار در این تحقیق تعیین و مقایسه شد.

بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی دو جدایه ویروس ایکس سیب‌زمینی در استان همدان

ندا شکراللهی؛ رضا پوررحیم؛ شیرین فرزادفر؛ سعید نظری

دوره 80، شماره 2 ، اسفند 1391، ، صفحه 119-130

https://doi.org/10.22092/jaep.2013.100565

چکیده

به منظور تعیین پراکنش ویروس ایکس سیبزمینی طی سال‌های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب‌زمینی در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ بازدید و مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه به ترتیب علائمدار ... بیشتر به منظور تعیین پراکنش ویروس ایکس سیبزمینی طی سال‌های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب‌زمینی در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ بازدید و مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه به ترتیب علائمدار و تصادفی) از 9 مزرعه جمع آوری شد. نتایج آزمون الایزا نشان دهنده آلودگی 42 نمونه تصادفی با ویروس ایکس سیب زمینی بود. میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار (3/18%)، رزن (5/12%) و کبودرآهنگ (2/9%) تعیین گردید. جهت بررسی خصوصیات مولکولی، ناحیه ژن پروتئین پوششی دو جدایه ایرانی IRN-HB1 و IRN-HK2 بترتیب از مناطق بهار و کبودرآهنگ بطول حدود 750 جفت باز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و توالی نوکلئوتیدی این قطعات تعیین گردید. آنالیز تبارزایی نشان داد که دو جدایه ایرانی مورد مطالعه در گروه اروپا-آسیا (Eurasia) قرار می‌گیرند و با جدایهPVX نخود فرنگی خویشاوندی نزدیکی داشتند. طول ژن پروتئین پوششی دو جدایه مورد بررسی 714 نوکلئوتید بود که منجر به تولید یک پروتئین فرضی با 237 آمینواسید می‌گردد. میزان همولوژی توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی بین 7/78 درصد با جدایه هلندی (رس شمار X88785) از گروه شماره دو تا 2/99 درصد با جدایه ایرانی (رس شمار FJ461343) و برای دو جدایه ایرانی 100 درصد تعیین گردید. هر چند که جدایه‌های ایرانی مورد مطالعه در این بررسی در گروه اروپا-آسیا قرار گرفتند ولی هنوز مشخص نیست که آنها جدایههای غالب این ویروس در ایران باشند. این اولین گزارش از آنالیز تبارزایی جدایههای سیبزمینی PVX از ایران واقع در منطقه mid-Eurasia می‌باشد.

آفات و بیماری‌های گیاهی

مقالات آماده انتشار

شماره جاری

دوره 91 (1402)

دوره 90 (1401)

دوره 89 (1400)

دوره 88 (1399)

دوره 87 (1398)

دوره 86 (1397)

دوره 85 (1396)

دوره 84 (1395)

دوره 83 (1394)

دوره 82 (1393)

دوره 81 (1392)

دوره 80 (1391)

دوره 79 (1390)

دوره 78 (1389)

دوره 77 (1388)

دوره 76 (1387)

دوره 75 (1386)

دوره 74 (1385)

دوره 73 (1384)

دوره 71 (1382)

دوره 70 (1381)

دوره 68 (1379)

کلیدواژه‌ها = تبارزایی

شناسایی مولکولی ویروس پیسک توت‌فرنگی (Strawberry mottle virus) از مزارع توت‌فرنگی استان کردستان بر اساس منطقه 3΄NCR

چکیده

ردیابی و بررسی روابط تبارزایی جدایه‌های ایرانی ویروس موزائیک انجیر بر اساس ژن کد کننده نوکلئوکپسید پروتئین

چکیده

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

چکیده

ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی Fig badnavirus-1 بر اساس ژن تولید کننده آنزیم پروتئاز

چکیده

بررسی توالی ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ایرانی ویروس ایکس هوستا

چکیده

بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی دو جدایه ویروس ایکس سیب‌زمینی در استان همدان

چکیده