ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی ژن پروتئین پوششی سه جدایه ‌ایرانی ویروس آبله آلو (Plum pox virus)

نوع مقاله: بیماری‌شناسی گیاهی

نویسندگان

1 گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران

2 بخش تحقیقات ویروس‌های گیاهی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران

چکیده

ویروس آبله آلو (Plum pox virus, PPV) یکی از خسارتزاترین ویروس‌های درختان میوه هسته‌دار در دنیا می باشد. به منظور ردیابی و بررسی خصوصیات مولکولی جدایه‌های‌ایرانی PPV، طی سال‌های زراعی 93-91، تعداد 130 نمونه برگی درختان هسته دار با علایم ویروسی از باغات درختان هسته دار استان‌های اردبیل ، مازندران و تهران جمع‌آوری شدند. ردیابی ویروس با روش‌های ELISA DAS-، ایمونوبلات و همچنین
RT-PCR با آغازگر‌های اختصاصی ژن پروتئین پوششی (CP) ویروس صورت پذیرفت. نتایج بدست آمده حاکی از وجود آلودگی در برخی از نمونه‌ها شامل 3 نمونه از دشت مغان، 24 نمونه از جویبار و 2 نمونه از درکه بود. محصول RT-PCR بدست آمده از تکثیر ناحیه ژن CP ویروس به طول 990 جفت باز مربوط به سه جدایه تعیین توالی گردیده و ترادف ناحیه کد کننده با سایر جدایه‌های موجود در NCBI مقایسه شدند. نتایج این آزمون نشان داد که دو جدایه 10s و 15s (از منطقه جویبار) دارای 99/3 و 99/4 درصد تشابه با سویه M (رس شمار EF626533.1) و جدایه M6 (از دشت مغان) دارای 99/4 درصد شباهت با سویه D ویروس‌ (رس شمار HF585098.1) می‌باشند. ‌این اولین گزارش از ردیابی مولکولی سویه‌های M و D ویروس آبله آلو بر مبنای توالی نوکلئوتیدی در مناطق ذکر شده می‌باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Detection and Molecular Characterization of Coat Protein Gene of Three Iranian Plum pox virus Isolates

نویسندگان [English]

  • M. SHIRAZI 1
  • M. R. SAFARNEJAD 2
  • F. RAKHSHANDEHROO 1
  • H. R. ZAMANIZADEH 1
چکیده [English]

Plum pox virus (PPV) is considered as one of the most devastating viruses of stone fruits in the world. During the growing seasons of the years 2012-2014, to detect and determine molecular characterization of Iranian isolates of PPV, sampling was done from stone fruit gardens in some parts in north and north western and central of Iran. A total number of 130 symptomatic Prunus leaf samples with virus like symptoms and symptomless weeds were collected from Ardebil, Mazandaran and Tehran. PPV detection was performed using DAS-ELISA, Dot Immuno Binding Assay and also RT-PCR with specific designed primers amplifying the gene encoding coat protein (CP). The results obtained from serological and molecular assays revealed presence of infection in 3 samples from Dasht-e Moghan, 24 samples from Jouybar and 2 samples from Darakeh. PCR amplicons belongs to the different regions were sequenced and compared with the corresponding worldwide strains available in NCBI. Comparisons showed the close similarity between the M6 isolate (from Dasht-e Moghan) and 15S and 10s isolates (from Jouybar) with the D (acc. nr. HF585098.1) (99.4%) and M (acc nr EF626533.1) (99.3% and 99.4%) strains of PPV, respectively. To the best of our knowledge, this is the first report of molecular detection of M and D strains of PPV in the studied regions based on the nucleotide sequence.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DAS-ELISA
  • M and D strains
  • Plum Pox Virus
  • RT-PCR
  • Sequencing