ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی Fig badnavirus-1 بر اساس ژن تولید کننده آنزیم پروتئاز

نوع مقاله: بیماری‌شناسی گیاهی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری

2 عضو هیئت علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران

3 پژوهشگر-عضو هیات علمی

4 عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس

چکیده

بادنا ویروس یک انجیر (Fig badnavirus -1) متعلق به خانواده Caulimoviridae و جنس Badnavirus و یکی از شایع ترین عوامل ویروسی همراه با بیماری موزائیک انجیر در انجیرکاری های جهان می باشد. طی فصول زراعی سال های 1391 تا 1393، در مجموع تعداد 392 نمونه برگی علائم دار و بدون علائم ویروسی از انجیر کار های مختلف موجود در 9 استان کشور جمع آوری شد. نمونه ها توسط آزمون سرولوژیکی Dot Immunobinding Assay (DIBA) و با استفاده از آنتی سرم اختصاصی ویروس موزائیک انجیر مورد بررسی قرار گرفتند. وجود ویروس در نمونه های آلوده توسط آزمون های مولکولی مورد تایید قرار گرفت. برای این منظور، DNA کل از نمونه های آلوده استخراج و با استفاده از آغازگر اختصاصی برای ژن پروتئاز، قطعه ای به طول تقریبی 1055 جفت باز تکثیر شد. بمنظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها، محصول پی سی آر نمونه های آلوده به FBV-1 توسط آنزیم EcoRI در آزمون RFLP مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند. پس از مشخص شدن توالی نوکلئوتیدی منطقه تکثیر شده 9 جدایه FBV-1 مربوط استان های مختلف، توالی های با رس شمارهای KU314932-40 در بانک ژن ثبت شدند. نتایج همردیف سازی توالی ها نشان داد جدایه های ایرانی در هر یک از سطوح نوکلئوتیدی یا اسید آمینه ای به میزان 99-98% مشابه بودند. در بررسی تبارزایی بر مبنای توالی نوکلئوتیدی جدایه های مورد بررسی در دو گروه قرار گرفتند و جدایه های ایرانی مستقل از جدایه آمریکا در گروه مجزا قرار گرفتند. فیلوژنی بر مبنای توالی اسید آمینه درخت فیلوژنتیکی متفاوتی را نشان داد

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Detection and Molecular Characterization of Fig badnavirus-1 Iranian isolates on the Basis of the Protease Gene

نویسندگان [English]

  • A. ALISHIRI 1
  • F. RAKHSHANDEHROO 2
  • GH. SALEHI JOUZANI 3
  • M. SHAMS-BAKHSH 4
چکیده [English]

Fig badnavirus-1, a species of the genus Badnavirus in the family Caulimoviridae, is one the most prevalent viruses associated with the fig mosaic disease through in fig plantations worldwide. During the growing seasons of the year 2012-2013, a total of 392 asymptomatic and symptomatic leaf samples were collected from different fig orchards located in 9 provinces of Iran. Using the DIBA serological test and universal serum, samples were tested for the presence of fig mosaic disease. Following total DNA extraction from infected samples, an amplicon with a size about 1055bp was amplified using specific primer for FBV-1 protease gene. RFLP test was conducted with the PCR products of the FBV-1 infected samples and EcoRI enzyme to assess the genetic variation of infected isolates. Protease gene of nine representative FBV-1 samples from different provinces were sequenced and submitted in GenBank under the accession numbers KU314932-40. Blast analysis showed 98-99% identity between the Iranian isolates at the nucleotide and amino acid levels. Phylogenetic analysis on the basis of the nucleotide sequences of studied isolates categorized them into two different groups in which Iranian isolates grouped together in a separate group distinct from American isolate. Phylogeny on the basis of the amino acid sequence revealed a different phylogenetic tree. Totally, results of this study indicated the presence of different FBV-1 populations in Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Detection
  • Fig badnavirus-1
  • phylogeny