بررسی خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی دو جدایه ویروس ایکس سیب‌زمینی در استان همدان

نوع مقاله: بیماری‌شناسی گیاهی

نویسندگان

1 دانشجوی سابق کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد اسلامی- واحد دامغان

2 موسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور، صندوق پستی 1454، تهران 19395

چکیده

به منظور تعیین پراکنش ویروس ایکس سیب­زمینی طی سال‌های 1389 و 1390، از مناطق کشت اصلی سیب‌زمینی در استان همدان شامل بهار، رزن و کبودرآهنگ بازدید و مجموعاً 456 نمونه برگی (تعداد 132 و 324 نمونه به ترتیب علائم­دار و تصادفی) از 9 مزرعه جمع آوری شد. نتایج آزمون الایزا نشان دهنده آلودگی 42 نمونه تصادفی با ویروس ایکس سیب زمینی بود. میزان وقوع آلودگی به این ویروس به ترتیب کاهش در مناطق بهار (3/18%)، رزن (5/12%) و کبودرآهنگ (2/9%) تعیین گردید. جهت بررسی خصوصیات مولکولی، ناحیه ژن پروتئین پوششی دو جدایه ایرانی IRN-HB1 و IRN-HK2 بترتیب از مناطق بهار و کبودرآهنگ بطول حدود 750 جفت باز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و توالی نوکلئوتیدی این قطعات تعیین گردید. آنالیز تبارزایی نشان داد که دو جدایه ایرانی مورد مطالعه در گروه اروپا-آسیا (Eurasia) قرار می‌گیرند و با جدایهPVX نخود فرنگی خویشاوندی نزدیکی داشتند. طول ژن پروتئین پوششی دو جدایه مورد بررسی 714 نوکلئوتید بود که منجر به تولید یک پروتئین فرضی با 237 آمینواسید می‌گردد. میزان همولوژی توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی بین 7/78 درصد با جدایه هلندی (رس شمار X88785) از گروه شماره دو تا 2/99 درصد با جدایه ایرانی (رس شمار FJ461343) و برای دو جدایه ایرانی 100 درصد تعیین گردید. هر چند که جدایه‌های ایرانی مورد مطالعه در این بررسی در گروه اروپا-آسیا قرار گرفتند ولی هنوز مشخص نیست که آنها جدایه­های غالب این ویروس در ایران باشند. این اولین گزارش از آنالیز تبارزایی جدایه­های سیب­زمینی PVX از ایران واقع در منطقه mid-Eurasia می‌باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Biological and molecular characterization of two Potato virus X- isolates from Hamedan province

نویسندگان [English]

  • N. SHOKROLLAHI 1
  • R. POURRAHIM 2
  • SH. FARZADFAR 2
  • S. NAZARI 2
چکیده [English]

The main potato growing areas in Hamadan province including Bahar, Razan and Kabodar-Ahang were surveyed during 2010 and 2011 to find distribution of  Potato virus X. A total of 426 leaf samples (132 and 324 symptomatic and random, respectively) were collected from 9 potato fields. Totally 42 random samples were showed positive reaction with PVX specific antibodies in ELISA assay. The highest virus incidence was recorded in Bahar (18.3 %), followed by Razan (12.5 %) and Kabodar Ahang (9.2 %). Coat protein gene (CP) of two Iran-HB1 and Iran-HK2 PVX isolates from Bahar and Kabodar-Ahang districts, respectively, were amplified (size about 750 bp) by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using specific primers. Evolutionary relationship demonstrated that Iranian isolates fell into Eurasia group. These two isolates with other Iranian PVX isolate from Pisum sativum are closely related together with high bootstrap support. The complete CP nucleotide sequences of Iranian potato isolates were 714 nucleotides long, encoding an ORF with 237 amino acids as previously reported for isolates belong to Eurasia group. The lowest (% 78.7) and highest (% 99.2) identities were found with Netherland (group II) and Iranian (group I) isolates with accession numbers X88785 and FJ461343, respectively, whereas for two Iranian isolates the identities were 100%. Although Iranian isolates were found in the Eurasia population we do not know yet whether these are dominant isolates in this region or not. However, evolutionary comparisons of a large number of isolates from Asia Minor and mid-Eurasia with representative worldwide isolates are necessary to determine this. The present study to our knowledge shows for the first time, the evolutionary relationships of PVX from potato collected in the mid-Eurasian region of Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Potato virus X
  • phylogeny
  • Iran